1. Ответственность, вменяемая налоговым органом
В соответствии с п. 1 ст. 126 НК РФ непредставление в установленный срок налогоплательщиком (плательщиком сбора, налоговым агентом) в налоговые органы документов и (или) иных сведений, предусмотренных НК РФ и иными актами законодательства о налогах и сборах, если такое деяние не содержит признаков налоговых правонарушений, предусмотренных ст. ст. 119, 129.4 и 129.6 НК РФ, а также п. 1.1 и п. 1.2 ст. 126 НК РФ, влечет взыскание штрафа в размере двухсот рублей за каждый непредставленный документ.

В силу ч. 1 ст. 14 Закона N 402-ФЗ годовая бухгалтерская (финансовая) отчетность состоит из бухгалтерского баланса, отчета о финансовых результатах и приложений к ним.
В то же время согласно ч. 2 ст. 18 Закона N 402-ФЗ обязательный экземпляр составленной годовой бухгалтерской (финансовой) отчетности представляется не позднее трех месяцев после окончания отчетного периода, и при представлении обязательного экземпляра составленной годовой бухгалтерской (финансовой) отчетности, которая подлежит обязательному аудиту, аудиторское заключение о ней представляется вместе с такой отчетностью либо не позднее 10 рабочих дней со дня, следующего за датой аудиторского заключения, но не позднее 31 декабря года, следующего за отчетным годом.
Вместе с тем, по мнению УФНС России по г. Москве, норма ч. 2 ст. 18 Закона N 402-ФЗ относится только к обязательному экземпляру бухгалтерской (финансовой) отчетности, представляемому в орган государственной статистики по месту государственной регистрации. На основании изложенного чиновники считают, что в состав годовой бухгалтерской (финансовой) отчетности, представляемой в налоговые органы, аудиторское заключение включать не нужно вне зависимости от факта публикации бухгалтерской отчетности (Письма УФНС России по г. Москве от 31.03.2014 N 13-11/030545, от 20.01.2014 N 16-15/003855). Ранее подобную позицию высказывал также Минфин России (Письмо Минфина России от 30.01.2013 N 03-02-07/1/1724).
Таким образом, учитывая позицию ведомств, организация, подлежащая обязательному аудиту, не обязана представлять в налоговые органы аудиторское заключение вместе с бухгалтерской отчетностью. В таком случае налоговый орган не вправе оштрафовать организацию за непредставление аудиторского заключения по п. 1 ст. 126 НК РФ.

2. Ответственность, вменяемая территориальным органом Росстата
Непредставление в соответствии с ч. 2 ст. 18 Закона N 402-ФЗ аудиторского заключения к отчетности, которая подлежит обязательному аудиту, грозит вынесением предупреждения или наложением штрафов на организацию и ее руководителя или главного бухгалтера согласно ст. 19.7 КоАП РФ.
В силу нормы ст. 19.7 КоАП РФ непредставление или несвоевременное представление в государственный орган (должностному лицу), орган (должностному лицу), осуществляющий (осуществляющему) государственный контроль (надзор), государственный финансовый контроль, муниципальный контроль, муниципальный финансовый контроль, сведений (информации), представление которых предусмотрено законом и необходимо для осуществления этим органом (должностным лицом) его законной деятельности, либо представление таких сведений (информации) в неполном объеме или в искаженном виде влечет предупреждение или наложение административного штрафа:
- на граждан в размере от ста до трехсот рублей; на должностных лиц - от трехсот до пятисот рублей;
- на юридических лиц - от трех тысяч до пяти тысяч рублей.
На момент написания статьи находится в обсуждении законопроект, предусматривающий увеличение ответственности по ст. 19.7 КоАП, согласно которому непредставление  или несвоевременное представление аудиторского заключения о бухгалтерской отчетности, которая подлежит обязательному аудиту, или иное нарушение порядка подачи заключения, штраф для юридического лица может составить от 100 тыс. до 200 тыс. руб.

Подытоживая все вышесказанное, можно заключить следующее. Налоговый орган не вправе оштрафовать организацию за непредставление аудиторского заключения по п. 1 ст. 126 НК РФ. Территориальный орган Росстата за непредставление в соответствии с ч. 2 ст. 18 Закона N 402-ФЗ аудиторского заключения к отчетности, которая подлежит обязательному аудиту, может привлечь организацию и ее руководителя или главного бухгалтера к ответственности согласно ст. 19.7 КоАП РФ, а именно вынести предупреждение или наложить штраф: на должностных лиц в сумме от трехсот до пятисот рублей; на юридических лиц - в сумме от трех тысяч до пяти тысяч рублей.