ФНС обратилась к теме перечисления НДФЛ при выплате работникам аванса в письме от 15 января 2016 г. № (БС-4-11/320).

Согласно пункту 2 статьи 223 НК датой фактического получения налогоплательщиком дохода в виде оплаты труда признается последний день месяца, за который ему был начислен доход за выполненные трудовые обязанности в соответствии с трудовым договором (контрактом). Налоговые агенты обязаны удержать начисленную сумму налога непосредственно из доходов налогоплательщика при их фактической выплате.
В соответствии с пунктом 6 статьи 226 НК налоговые агенты обязаны перечислять суммы исчисленного и удержанного налога не позднее дня, следующего за днем выплаты налогоплательщику дохода. Таким образом, налоговый агент производит исчисление, удержание и перечисление в бюджет НДФЛ с зарплаты (в том числе за первую половину месяца) один раз в месяц при окончательном расчете дохода работника по итогам каждого месяца, за который был начислен доход, в сроки, установленные в пункте 6 статьи 226 НК. Организация - налоговый агент не обязана удерживать и перечислять НДФЛ при выплате аванса.